Les outils du diagnostic génétique

L’éventail des outils diagnostic est très vaste car il dépend non seulement du type mais également de la récurrence de la variation recherchée. Ainsi, les stratégies sont différentes si on recherche une mutation ponctuelle ne touchant qu’un petit nombre de bases sur la séquence d’ADN ou un grand réarrangement de toute une partie du gène (délétion, inversion, inversion etc…). De même, on pourra utiliser des techniques dites ciblées parfois sous forme de kit commercial si on recherche une variation fréquente. En revanche des techniques de criblage étendu sur un gène, plusieurs gènes voire le génome seront indispensables pour des anomalies de séquence rares voire privées ou associées à une seule famille.

Les techniques ciblées sont accessibles à de nombreux laboratoires agréés alors que les techniques étendues sont réservées à des laboratoires spécialisés étant donné les coûts des matériels et le volume conséquent de données à analyser nécessitant une large équipe de techniciens, biologistes et bio informaticiens.

La tâche est complexe quand on ne sait pas ce que l’on cherche. Les techniques de criblage étendu peuvent être classées en deux groupes en fonction de leur objectif : la recherche de grand réarrangement de gènes ou de chromosome et la recherche d’une variation de séquence ou mutation. Ne pouvant citer toutes les techniques existantes on ne parlera que de la plus connue, le séquençage. En effet dans le cas de recherche d’une variation de séquence ponctuelle (ou mutation), le séquençage est la technique de choix. La méthode Sanger, parfaitement adaptée au criblage des petits gènes a tendance à être remplacée par les techniques de séquençage de nouvelle génération (NGS Next Generation Sequencing). Le séquençage haut débit NGS permet, en effet, d’analyser simultanément un ensemble de gènes, impliqués dans une même pathologie (panel) ou tous les exons de tous les gènes (exome) ou tout le génome (génome). Ces techniques sont couteuses et produisent un volume conséquent de données qu’il faut ensuite analyser. Si les techniques NGS appliquées à un gène (F8 ou VWF par exemple) ou à un panel de gènes (pathologies plaquettaires) sont bien calibrées pour le diagnostic, les techniques d’analyse de l’exome voire du génome sont réservées à quelques laboratoire très spécialisés et restent le plus souvent du domaine de la recherche contribuant à la découverte de nouveaux gènes. (Plan France génomique 2025)

Présentation de la plateforme AURAGEN de séquençage à très haut débit par le Pr Christine Vinciguerra

Les laboratoires s’organisent pour affiner les stratégies et positionner au mieux cet éventail de techniques, c’est notamment le rôle du réseau GENOSTASE.